参考基因组新时代 — “单倍型”参考基因组
高杂合、多倍体一直是组装中的难点，以往的做法就是构建单倍体或双单倍材料(double-haploid )来进行组装，但同时也没有办法获得全面的基因信息。目前主流的组装算法倾向于将杂合 / 同源区域整合，得到的组装结果为 haploid consensus 或者 monoploid。为了深入研究的需要，更多的物种需要将来自父母的遗传信息都获得，因此参考基因 组就需要获得两个单倍体基因组，也就是“单倍型”参考基因组(Haplotype-resolved genome 或 Phased diploid genome)。如今近期多篇文章都用到“单倍型”参考基因组解决生物学问题，同时多倍体物种组装方法，与组装“单倍型”参考基因组在原理上也有着相互借鉴的地方。
苹果（ Malus domestica Borkh 。）是一种受欢迎的温带水果，其驯化由不同野生物种的杂交和具有理想性状的基因型的无性繁殖组成。因此苹果具有高杂合的基因组特征，目前已有的苹果参考基因组，对于苹果育种工作，苹果驯化研究有一定局限性。
因此本文对 M. domestica cv. Gala 、 M. sieversii 和 M. sylvestris 分别构建不同长度的Illumina paired-end和mate-pair文库、10x Genomics和PacBio HiFi文库。Illumina和10x Genomics文库测序数据，使用DeNovoMAGIC3 组装，产生一个定相二倍体组装和一个未定相的组装；PacBio HiFi文库测序数据，使用Hifiiasm和HiCanu组装;以上组装版本，结合 遗传图谱数据和已发表基因组的共线性信息，对 Scaffolds 进行挂载。
表1 “单倍型”苹果组装结果
从上述结果可以看出，研究者组装出单倍型基因组为 1.31-1.32 Gb，是不进行单倍型区分的基因组序列的两倍。尽管杂 合度很高，但所有样本的组装结果都有很高的连续性，单倍型组装结果的 contig N50 为 1.2-1.9 Mb，scaffold N50 为 3.3-4.2 Mb。同时可以发现，PacBio HiFi 数据在高杂合组装中对连续性有非常显著的提升。
栽培马铃薯是同源四倍体，主要靠薯块进行无性繁殖。这些特点使得马铃薯的基因组高度杂合，有害等位基因隐藏在四套染色体中，而优良基因的聚合要依靠复杂的遗传重组，导致马铃薯品种改良周期漫长。
本篇文章研究者利用Illumina 测序、10x Genomics (10xG) linked-read 测序、ONT 测序、PacBio-CCS测序、Hi-C 技术、遗传图谱数据，相互整合最终得到杂合二倍体马铃薯的两套染色体的基因组序列，完成了单倍体组装。
表2 组装结果
本研究报道了一种新的软件：PolyGembler (polyploid genetic linkage assembler), 该方法是通过遗传连锁分析将contigs 分组和排序获得染色体序列(pseudomolecules) 的方法。同时本方法也可以来检测和修复组装中的错误。使用该方法，本文作者结合RAD-seq数据，对已发表的结缕草（ Zoysia japonica ）进行了多倍体拆分。此外，本研究还解决了已发表的二倍体甘薯（ Ipomoea trifida ）基因组组装的13个组装错误。
通过上文三个案例，可以发现“单倍型”参考基因组解决方案不再局限于利用不同平台/文库测序数据和组装软件算法，更多的是和重测序分析中的遗传图谱信息相结合，借用SNP信息反过给出scaffold定相信息或contig分组信息。
“单倍型”参考基因组在基因组进化，物种驯化育种，甚至性染色体研究中有着一定的必要性，也是获得更全面的基因组信息的必要条件。新时代来了，诺禾致源的科技服务一直在与时俱进，后续最新进展也会实时更新，敬请期待。
有哪些好听的纯音乐
全球10首天籁之音 全球10首天籁之音，在我们的日常生活中其实每个人喜欢听的音乐类型都有所不同，但有部分歌也是能打动大部分人的内心，让大家喜欢的，以下整理了全球10首天籁之音。 全球10首天籁之音1 一、《Darkside》 在全球十大电音神曲中《Darkside》源于挪威，整首歌的节奏个人很空灵的感觉，十分的轻快，还有着让人超然的热血情绪，毫不夸张的说此首歌节奏一起就能让人为之疯狂。 二、《Different World》 《Different World》是Alan Walker的第一张个人专辑，据了解其中有不少的艺人参与，所以整个感觉很“豪华”，节奏一起来不仅很带感，而且所表达的情绪和思想也很到位。 三、《Diamond Heart》 《Diamond Heart》是Sophia Somajo的代表作，从方方面面来看它是一首非常感性的电音作品，能量满满，虽然节奏并不像其它电音那么快，但也正是以此来表达人们不惧悲伤的情绪。 四、《Ignite》 《Ignite》是两位超强电音人打造出来的，整首歌节奏一起来，身体就会跟着不自觉的抖动，强烈的自信感简直就是绝了，而且副歌部分堪称魔性无比。 五、《unity》 《unity》是一首在整个德国非常燃的电音之作，它发行于2014年，由The Fat Rat创作，到如今都是颇有人气的一首电音，毫不夸张的说全球好多的电音爱好者的都有听过不止一次《unity》。 六、《Monody》 在全球十大电音神曲中《Monody》是两位水平超高的音乐人合作演唱的电音单曲，人们评价说此首《Monody》代表着电音界顶尖的水准，听着十分震撼。 七、《Fade》 这首《Fade》应该是好多朋友都有听过的吧，带感的节奏，堪称世界冠军级别的电音神曲自推出到如今都仍然是火爆到不行不说，而且还斩获了电音界不少的殊荣。 八、《Wake me up》 《Wake me up》发行于2013年，是一首非常带感的电音，曾在全球二十多个国家和地区的音乐榜单上有斩获冠军的宝座，据统计它在世界范围的销量达到了1100多万。 九、《Hello》 《Hello》堪称电音界的洗脑神曲，节奏给人有点鬼畜般的感觉，不过也正是因为这种感觉而收获了不少的粉丝，欢快的节奏简直就是带感到不行。 十、《sky》 在全球十大电音神曲中一首拥有超高人气的《sky》想必大家都是有听过的`，人们评价说如果是在比较困的情况下听这首电音，一下便会让人精神抖擞。 全球10首天籁之音2 1、此情可待 理查德马克思是一位灵魂歌手，自身是一个集作曲，演唱，填词，创作的摇滚才子。 这首歌曲是他为数不多的抒情摇滚代表作，这首歌曲创作的灵感来源于自己的爱妻辛西娅，因为与妻子分离产生的强烈思念，让他在20分钟内就完成了这首世纪名作。 歌手用低沉沙哑的嗓音，述说着自己对于妻子的强烈思念，问世有20年之久，依旧传唱不衰。 2、卡萨布兰卡 这首歌曲的创作和演唱者是18世纪著名诗人歌德的后代，美国著名音乐人贝特希金斯。 这首歌曲是演唱者和妻子的定情之作，歌曲充满爱情的美好，美丽的回忆，情感真挚，曲调优美，是很多人公认的十大经典天籁之音。 3、无心快语 歌曲的演唱创作者乔治迈克尔，是美国家喻户晓的威猛乐队创始人之一，创作这首歌曲的时候，他年仅十七岁，在四年后这首歌曲成为了纵横英美排行榜冠军的歌曲，是八十年代最具特色的天籁之音。 4、昨日重现 上个世纪七十年代欧美经典天籁之音，卡朋特的代表性作品，发行于1973年，因为歌曲鲜明的怀旧风格和洗脑的旋律，入围奥斯卡百年金曲。其中主唱卡伦卡朋的声音简直是天赐的嗓音，优美动听。 5、我将永远爱你 世界流行音乐天后，美国女歌手惠特尼休斯顿的成名作，电影《保镖》的主题曲，在公告牌上连续14周第一，获得MTV最佳电影歌曲，格莱美最佳录制和流行女声两大奖项。 《我将永远爱你》是一首充满悲伤感的抒情歌曲，歌手细腻的嗓音娓娓道来了对离别深沉的思念，和美好的祝福之情。 6、以吻封缄 一首极具浪漫色彩的歌曲，这首歌曲的作者布莱恩海兰，虽然只有十六岁，但却把一个少年对于自己心爱之人的思念之情表达的淋漓尽致。这种暗恋的情感在听到这首歌的时候就感同身受。 再加上歌手充满少年感的嗓音，为这首歌曲赋予了甜蜜的色彩。 7、没有你 这首歌曲的创作演唱者，是美国流行音乐歌手Marish Carey。 一首诉说爱情的歌曲，曲风轻柔，讲述了自己对于爱情的理解，这样的抒情歌曲，敲击了很多人内心的灵魂。 8、雨中的旋律 瀑布合唱团，这个组合在世界上的知名度不高，但他们的一首歌曲，在全世界有很高的知名度，这个合唱团也算曲红人不红的代表了。 雨中的旋律这首歌曲，自问世以来，以动听的旋律，吸引了大众的注意，是音乐史上，最经典的一首歌曲，很多知名歌手都翻唱过。 9、人鬼情未了 因为是电影《人鬼情未了》的主题曲而受到关注，浪漫凄美的爱情故事，在加上悠扬婉转的配乐，给人一种直达灵魂的暴击。 由正义兄弟演唱，荡气回肠的演唱，为电影里的真挚爱情，增添了无穷的浪漫色彩，所以一直长盛不衰。 10、寂静之声 发行于1967年，是美国青春电影《毕业生》的主题歌。 旋律平静舒缓，歌词的含义不落俗套，值得大家细细咀嚼。 全球10首天籁之音3 求最少十首世界名曲，比如说《上帝是个女孩》 1、献给爱丽丝（贝多芬） 2、春之歌（门德尔松） 3、六月—船歌（柴可夫斯基） 4、少女的祈祷（巴达洁芙丝卡） 5、月光（贝多芬） 6、华丽大圆舞曲（肖邦） 7、夜曲（肖邦） 8、幻想即兴曲（肖邦） 9、托卡塔（拉威尔） 10、儿童乐园 一、 高山流水 (先泰 佰牙)[知音者樵夫钟子期] 二、 广陵散琴曲 又名广陵止息> 汉魏时期相和楚调但曲之一,嵇康 三、 平沙落雁 又名雁落平沙> 四、 梅花三弄 (曲中泛奇曲调在不同的徽位上重复了三次) 五、 十面埋伏 :公元前202年,汉军用十面埋伏的阵法击败楚军,项羽自刎于乌江,刘邦取得胜利、 六、 夕阳箫鼓 又名春江花月夜>原文曲 1925 上海大同乐社改编成丝竹乐曲 七、 渔樵问答 八、 胡笳十八拍 文姬归汉> 九、 汉宫秋月 一为筝曲,二为二胡曲、刘天华 十、 阳春白雪 春秋晋国师旷或齐国刘涓子、阳春>和白雪>是两首器乐曲
有哪些好听的纯音乐？
哈哈，我推荐的和别人不太一样。
1、the
sound
of
silence
当你伤心的时候，这首曲子是可以分担痛苦的，中间的高潮部分又能够让你有如见到曙光；当你很开心的时候就不要听了，那时你会害怕听这首曲子；力荐！！！
2、beatrix
如小溪般清澈的音乐，带来的是快乐和轻松，在任何时候听了都很高兴的。力荐！！！
3、nebula
十分让人沉浸的的曲子，让人能够融到繁星满天的世界中，体验星河的壮丽，群星的璀璨。
4、adagio
in
minor
这首曲子是从沉重到轻松的过度，体验到低音的郁闷后，后面的曲子十分动听，充满着憧憬和希望。
5、the
purple
butterfly
当你充满思绪的时候，当你为一件事不得要领时，它虽然不能帮助你，但是是你现在情况的一种体现：纠缠、矛盾。
6、clear
sky
over
the
mountains
不算是太好听，但是那种音乐的搭配让人十分轻松，十分有活力，清晨起来听蛮好的。
7、windmill
最好能够一边听歌，一边看着自然的图片，荷兰的草原，罗春湖畔等等。
8、mystica
这首曲子是用与众不同的乐器吹奏的，特别有一种神秘气息（我总感觉是埃及的）
...展开哈哈，我推荐的和别人不太一样。
1、the
sound
of
silence
当你伤心的时候，这首曲子是可以分担痛苦的，中间的高潮部分又能够让你有如见到曙光；当你很开心的时候就不要听了，那时你会害怕听这首曲子；力荐！！！
2、beatrix
如小溪般清澈的音乐，带来的是快乐和轻松，在任何时候听了都很高兴的。力荐！！！
3、nebula
十分让人沉浸的的曲子，让人能够融到繁星满天的世界中，体验星河的壮丽，群星的璀璨。
4、adagio
in
minor
这首曲子是从沉重到轻松的过度，体验到低音的郁闷后，后面的曲子十分动听，充满着憧憬和希望。
5、the
purple
butterfly
当你充满思绪的时候，当你为一件事不得要领时，它虽然不能帮助你，但是是你现在情况的一种体现：纠缠、矛盾。
6、clear
sky
over
the
mountains
不算是太好听，但是那种音乐的搭配让人十分轻松，十分有活力，清晨起来听蛮好的。
7、windmill
最好能够一边听歌，一边看着自然的图片，荷兰的草原，罗春湖畔等等。
8、mystica
这首曲子是用与众不同的乐器吹奏的，特别有一种神秘气息（我总感觉是埃及的）
9、chariots
of
fire
分为两段，前段犹如初升的太阳，充满朝气，后段较为亲切活泼，十分条理性。适合工作日早晨听。
10、tenderness
十分细腻温柔的一首歌，英文意思就已经表达一切了。
我写这些是为了与别人共享班得瑞的美妙，不能只听其中有名的几首曲子，别的也很好听。除此之外，还有neptune、star
of
baghdad等我就不说了。收起